Μόλις ένα χρόνο κράτησε η συνεργασία του Γιάννη Σαμαρά με την ΑΕΚ. Πέρσι, ο Σαμαράς μαζί με τον Άκη Ζήκο ανέλαβαν τις Ακαδημίες της ΑΕΚ όμως η συνεργασία έληξε άδοξα. Ο Γιάννης Σαμαράς πήγε με προοπτικές στην ΑΕΚ από τις Ακαδημίες του Παναθηναϊκού ωστόσο αυτό δεν επιβεβαιώθηκε.

Η χρονιά των «κιτρινόμαυρων» δεν κρίνεται επιτυχημένη κυρίως λόγω των πολλών τραυματισμών που είχαν στα τμήματα υποδομών της φετινής σεζόν με αποτέλεσμα οι επιτυχίες του να είναι περιορισμένες. Αναμένονται και άλλες αλλαγές κυρίως στο τεχνικό τιμ μετά και την παραίτηση του Σαμαρά.